唾液からのSARS-CoV-2検出は？
今回はこのプレプリント（査読前）論文からです．
査読前論文は，査読を受けていないので，掲載されるかどうかもわかりません．
昨今ではこのプレプリント論文たちの信頼性が問題になっていることを理解の上で，ご覧ください．
www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.20081026v1
リファレンス番号はそのままつけておきます．
抄録
カナダ，トロントの6つの病院でCOVID-19の53人の入院患者を登録し，SARS-CoV-2について各患者の鼻咽腔スワブ/唾液サンプルペア1組を検査した．全体として，感度は鼻咽頭スワブで89%，唾液で77%であった(p=NS);感度の差は，疾患後期に採取したサンプルペアで最も大きかった．
背景
患者検体中の重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARSCoV‐2)の迅速かつ正確な検出は，コロナウイルス病2019(COVID‐19)パンデミックを制御するために重要である．現在のところ，SARS-CoV-2検出のための様々な検体タイプの感度を比較したデータはほとんどない．カナダでは，SARS-CoV-2検査には鼻咽腔(NP)スワブが好ましい採取部位であり[1,2]，予備データからSARS-CoV-2検出には口腔咽頭スワブよりも感度が高い可能性が示唆されている[3,4]．しかしながら，NPと口腔咽頭スワブの両方の採取は患者にとって不快であり，医療従事者にリスクをもたらす可能性がある．さらに，最近の世界的なサプライチェーンの不足により，様々な種類のスワブへのアクセスが制限されている．対照的に，唾液は青年や成人が容易に自己採取できる．他のグループでは，唾液検体中のSARS-CoV-2の検出に成功し，連続サンプリングに唾液を使用することが実証されている[5～7]．入院患者におけるSARS-CoV-2検出のためのNPスワブと唾液の感度を比較することを目的とした．
方法
トロント侵襲性細菌病ネットワーク(TIBDN)は，カナダ，オンタリオ州の大都市トロントおよびピール地方自治体(2016年の人口基盤420万)において，特定の感染症のための集団ベースのサーベイランスを実施している．COVID-19については，臨床微生物検査室がSARS-CoV-2陽性の検体を中央治験事務局に報告する．2020年3月16日から，試験スタッフは6つのTIBDN病院で連続した入院患者を登録した．患者の人口統計学的データ，曝露データ，および医学的データをインタビューおよびカルテにより収集し，CC-BY-NC-ND 4.0 International licenseのもとで入手可能とした．当日にNPスワブおよび唾液検体を採取し，その後患者が入院したままであれば72時間間隔で3組の検体を採取した．標準的な手順に従ってNPスワブを採取した[8]．唾液検体については，患者に無菌の検体容器に吐き出してもらい，その後，リン酸緩衝生理食塩水2.5mLを加えた．サンプルは研究微生物検査室に運ばれ，そこで採取から8時間以内に-80℃でアリコートおよび凍結された．4月14日，SARS-CoV-2リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR)検査のために，各患者の最新のNPスワブ/唾液サンプルペアを選択した．研究室での試験は，Allplex™ 2019-nCoV Assay(100T)を用いて，RNA依存性RNAポリマー(RdRp)，エンベロープ(E)を検査し，カプシド(N)遺伝子はSeegene Inc.（ソウル，韓国）を用いてSinai Health System (カナダ，トロント)において検査した．本研究はSinai Health SystemのResearch Ethics Board(#020118-U)の承認を受けた．
結果
53例の患者が参加し，全員がトロントの臨床検査室でNPスワブを検査してCOVID-19であることが確認された．年齢中央値は63歳(範囲27～106)，21例(40%)が女性，38例(72%)が少なくとも1つの併存疾患を有し，4例(8%)が免疫不全であった．7例(13%)は，曝露源が疑われる家庭内接触があった．入院時，47例(89%)に発熱，44例(83%)に咳嗽が認められた．疾患発症から入院までの期間の中央値は6日(四分位範囲(IQR)3～8)で，18例(34%)が集中治療を必要とした．発症から検査検体採取までの期間の中央値は11日(IQR 7-15)であった．4月22日時点で，8名(15%)が入院を続け，41名(77%)が退院し，4名(8%)が死亡していた．ペア検体を検査した53例の患者のうち，47例(89%)が少なくとも1つの陽性検体を有していた．これら47例中31例(66%)では，NPスワブと唾液の両方が陽性であり，11例(23%)ではNPスワブのみが陽性であり，5例(11%)では唾液のみが陽性であった，p=0.14(Table)．したがって，NPスワブを用いた場合には，少なくとも1つの陽性検体を有する患者47例中42例(89%)が検出され，唾液のみを用いた場合には，少なくとも1つの陽性検体を有する患者47例中36例(77%)が検出されたと考えられる．NPスワブのみを用いた場合，第1週，第2週，第3週/第4週にそれぞれ13/14例(93%)，18/22例(82%)，11/11例(100%)の患者が検出されたであろう(表)．唾液のみを用いた場合，1週目，2週目，3週目/4週目にそれぞれ12/14例(86%)，17/22例(77%)，7/11例(64%)の患者が検出されたであろう(表)．NPスワブのN遺伝子周期閾値(Ct)の中央値は，ペアの唾液検体が陽性(n=31)の場合は33(IQR 30～36)であったのに対し，ペアの唾液検体が陰性(n=11)の場合は32(IQR 28～35)であった(p=0.1)．いずれも陽性であった31組のNPスワブ/唾液検体のうち，NPスワブおよび唾液中のN遺伝子Ct値は同程度であった(それぞれ中央値32，IQR 28～35および中央値31，IQR 28-36，p=0.6);ピアソン相関係数は0.4，p=0.03(Figure)．EおよびRdRp遺伝子のCt値を用いた場合，結果は類似していた(データは示していない)．考察:53人の患者のこのサンプルでは，NPスワブと唾液からの収量に有意差はなかった．しかし，NPスワブは唾液よりも約10%感受性が高くウイルス濃度が低いと報告されている病気の後期に検体を採取した場合，NPスワブと唾液の感度の差は大きくなるようであった[4,9]．我々のデータは，患者のSARS-CoV-2検出のためのNPスワブの採取が，特に患者が病期の後期の場合に好まれる可能性があることを示唆している．我々のデータはまた，単一のNPスワブも単一の唾液標本もCOVID-19の検出に対して100%の感度ではないことを示唆している．これは先行文献[10]と一致しており，検査前確率がCOVID-19の高い患者では，1回の検査で陰性であっても疾患を除外できないことを強調している．反復検査，場合によっては血清学的検査(特に患者が病気の2週目以降にある場合)[4]により，歩留まりが改善されることがある．この解析にはいくつかの限界がある．これらの患者は当初，NPスワブを用いて診断されていたため，他の検体が陽性であるのに対して，その後のNPスワブに対するバイアスがある可能性がある．我々は単一検出システム(Seegene)を使用し，他のプラットフォームだと異なる結果をもたらした可能性がある．単に検体容器に吐き出すよう患者に依頼しただけで，うがいなど他の方法[11]が収率を向上させたかどうかは不明である．我々のデータは，NPスワブが不足しているか，患者がそれに耐えられない場合，特に上気道のウイルス濃度がより高い可能性がある疾患の初期には，入院患者のNPスワブの代わりに唾液が合理的に代用される可能性があることを示唆している．しかしながら，これは単一の検体が100%の感度ではないという理解のもとに行われるべきであり，臨床的に疑いが強く唾液が陰性である患者では，NPスワブを2回目の検体として使用すべきである．唾液およびNPスワブが疾患の早期に真に同等であるかどうかを決定し，異なるプラットフォームでの検査を評価し，無症候性患者または入院を必要としない患者における様々な検体タイプの感度を評価するためには，さらなるデータが必要である．
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いかがでしたか？
唾液によるSARS-CoV-2のRT-PCRを認可する方向だと報道されていますので
翻訳してみました．
特徴をよく理解したうえでご使用ください．
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